Trước thực trạng nhiều quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách do Trung ương quản lý bộc lộ những hạn chế, Kiểm toán Nhà nước (KTNN) đã có những kiến nghị đáng chú ý nhằm tái cấu trúc và nâng cao hiệu quả quản lý, sử dụng các quỹ này.