Theo UBND TP.HCM, hiện nay do chưa có sự tập trung đầu mối thống nhất quản lý về các lĩnh vực như đầu tư, xây dựng, đất đai, môi trường, lao động... nên hiệu quả quản lý nhà nước đối với cụm công nghiệp trên địa bàn bị hạn chế.

Mặc dù Nghị định số 68 và Nghị định số 66 có nêu Sở Công Thương là cơ quan quản lý nhà nước làm đầu mối tiếp nhận hồ sơ, tuy nhiên theo các quy định cao hơn (Luật Xây dựng, Luật Đầu tư, Luật Đất đai, Luật Đấu thầu, Luật Môi trường...) thì quy định các cơ quan chuyên ngành khác thực hiện các nhiệm vụ quản lý nhà nước về đất đai, môi trường, xây dựng, đầu tư.... Do đó, Sở Công Thương nếu làm cơ quan đầu mối sẽ chỉ là khâu trung gian tiếp nhận hồ sơ của các chủ đầu tư, sau đó chuyển cho các cơ quan chuyên môn để xử lý. Như vậy sẽ làm phát sinh khâu trung gian và kéo dài thời gian trong quá trình thực hiện thủ tục hành chính đối với hoạt động đầu tư trong cụm công nghiệp.

Trong khi đó công tác kêu gọi nhà đầu tư hạ tầng các cụm công nghiệp vẫn chưa có kết quả cao, diện tích cụm công nghiệp được quy định không quá 50 ha (giai đoạn 1), mở rộng giai đoạn 2 không quá 75 ha là tương đối nhỏ nên chi phí và giá thành đầu tư vào cụm công nghiệp cao, tính cạnh tranh thấp.

Ngoài ra hiện đang có sự chồng chéo, chưa rõ ràng cụ thể đối với quy định lựa chọn nhà đầu tư. Cụ thể Nghị định số 66 và Nghị định số 68 quy định việc lựa chọn chủ đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật không phải đấu thầu trong khi theo Luật Đấu thầu năm 2013 lại quy định thực hiện đấu thầu lựa chọn nhà đầu tư.

Chưa kể hiện nay một số chủ đầu tư hạ tầng cụm công nghiệp đã có quyết định chủ trương đầu tư nhưng còn chậm triển khai dẫn đến việc kêu gọi đầu tư các cụm công nghiệp khác trên cùng địa bàn sẽ không thực hiện được do quy định tỷ lệ lấp đầy các cụm công nghiệp trên cùng địa bàn được quy định tại Nghị định số 68. Các thủ tục đầu tư hạ tầng cụm công nghiệp mất nhiều thời gian do phải qua nhiều cơ quan chuyên môn thẩm định, làm ảnh hưởng đến tiến độ đầu tư dự án.

Nhiều khu công nghiệp hiện chưa lấp đầy tỷ lệ doanh nghiệp hoạt động do vướng một số quy định.

Từ những phân tích kể trên, UBND TP.HCM kiến nghị Bộ Công Thương xem xét xây dựng mô hình đối với một số tỉnh thành có thể tập trung chức năng quản lý nhà nước về cụm công nghiệp cho Ban Quản lý các Khu Chế xuất và Công nghiệp.

Để sớm triển khai các cụm công nghiệp đã có trong quy hoạch trên địa bàn, UBND Thành phố kiến nghị Bộ Công Thương nghiên cứu, tham mưu Chính phủ điều chỉnh điểm c, khoản 1, Điều 10 Nghị định số 68 theo hướng quy định này chỉ áp dụng đối với các cụm công nghiệp chưa có trong quy hoạch cụm công nghiệp đã được phê duyệt; đối với các cụm công nghiệp đã có trong quy hoạch được triển khai thực hiện không áp dụng quy định này.

Mặt khác, UBND Thành phố cũng đề xuất Bộ Công Thương tham mưu Chính phủ sớm ban hành Chương trình hỗ trợ đầu tư hạ tầng cụm công nghiệp để các địa phương có cơ sở triển khai thực hiện; bổ sung các cụm công nghiệp vào danh mục ưu đãi đầu tư; bổ sung lĩnh vực đầu tư hạ tầng kỹ thuật cụm công nghiệp vào danh mục ngành nghề đặc biệt ưu đãi đầu tư...

Tham mưu Chính phủ điều chỉnh các thủ tục cũng như các quy định về đầu tư hạ tầng cụm công nghiệp cho thống nhất, đồng bộ giữa các Bộ, ngành liên quan; nghiên cứu bổ sung, điều chỉnh, hướng dẫn thực hiện lựa chọn nhà đầu tư hạ tầng cụm công nghiệp phù hợp với quy định Luật Đấu thầu, Luật Đầu tư hiện hành.